A Direção da Escola assenta no articulado do Decreto-Lei n.º 75/2008, responsável pela criação do cargo de Diretor, coadjuvado por um Subdiretor e dois Adjuntos, constituindo um órgão unipessoal e não um órgão colegial.

O Diretor é o órgão de administração e gestão da Escola, nas vertentes administrativa, financeira, patrimonial, cultural e pedagógica. 

A constituição da equipa da Direção da Escola Secundária José Falcão é a que se segue:

Diretora: Dr.ª Isabel Achando Amoroso Lopes

Subdiretor: Dr. José Dias

Adjunta: Dr.ª Marta Esteves

Adjunta: Dr.ª Margarida Nascimento